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非法吸收公众存款罪和集资诈骗罪都以非法集资为外在表现形式，在司法实践中容易混淆，二者的根本区别在于：
1.犯罪的目的不同
前者的犯罪目的是非法占有所募集的资金；而后者的目的则是企图通过吸收公众存款的方式，进行赢利，在主观上并不具有非法占有公众存款的目的。这是两罪最本质的区别。
2.犯罪的客观方面不同
犯罪行为的客观表现虽有非法集资的共同外在表现形式，但具体实施方法也有根本不同。前者的行为人必须使用诈骗的方法，而后者则不以行为人是否使用了诈骗方法作为构成犯罪的要件之一，尤其是在吸收存款或募集资金的目的行为上并不遮掩赢利的意图。
3.侵犯的客体不同
前者侵犯的是复杂客体，不仅侵犯了国家的金融秩序，而且侵犯了出资人的财产所有权；后者侵犯的是单一客体，即国家的金融管理秩序，当然在有些情况下，非法吸收公众存款的行为人由于经营不善造成亏损，无法兑现其在吸收公众存款时的承诺，甚至给投资人、存款人造成了重大经济损失，但是这种损失与行为人的目的就是侵犯公私财物的所有权是不同的。
4．筹集资金的用途不同
学界通说认为一般有三种资金用途：一是筹集的资金全部用于公司生产领域；二是筹集的资金全部用于个人的账户支配；三是筹集的资金一部分用于生产领域、一部分用于个人的账户支配。这三种不同的筹集资金的用途影响着定罪的不同倾向。如果筹集资金全部用于生产领域，则定罪倾向于非法吸收公众存款罪；如果筹集的资金全部用于个人账户支配，定罪则倾向于集资诈骗罪；如果筹集资金一部分用于生产经营、一部分用于个人账户支配，那么就应确认用于生产领域与用于个人账户支配的资金份额比例，并结合行为人的主观意图上是否具有 “非法占有"的目的来综合考量。如果用于生产经营的份额较大，则倾向于考虑非法吸收公众存款罪；如果用于个人账户支配的份额较大，则倾向于集资诈骗罪。
如果用于生产经营和个人账户支配的份额相同，则仍要优先考虑其主观上是否具有“非法占有"的犯罪目的。
